ในปี ค.ศ. 1326 อีซาแบลกับโรเจอร์ มอร์ติเมอร์ คนรักของพระนางบุกอังกฤษ พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 2 กับฮิวจ์หนีไปลอนดอน แม้จะเป็นการกระทำที่ขี้ขลาด แต่ทั้งคู่รู้ดีว่าอีซาแบลเกลียดชังพวกตนจับใจและจะถูกจับกุมไม่ได้เด็ดขาด เอเลนอร์กำลังตั้งครรภ์บุตรคนสุดท้ายของตนกับฮิวจ์จึงไม่สามารถเดินทางได้ พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดให้เธออยู่ในหอคอยแห่งลอนดอนซึ่งทรงคิดว่าปลอดภัยสำหรับเธอ

ในอังกฤษประชาชนเกลียดชังเดสเปนเซอร์และหัวเราะเยาะกษัตริย์ผู้อ่อนแอของตนเองจึงปล่อยให้อีซาแบลกับมอร์ติเมอร์ทำตามที่ต้องการ ในเดือนพฤศจิกายนพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดกับฮิวจ์ถูกจับกุมตัว บิดาของฮิวจ์ถูกแขวนคอทันที พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดถูกบีบให้สละบัลลังก์ ฮิวจ์ถูกนำตัวไปพิจารณาคดีและถูกตัดสินว่าทรยศขายชาติและเป็นโจร เขาถูกประหารต่อหน้าสาธารณชนด้วยการแขวนคอจากการเป็นโจร และถูกลากและหั่นเป็นสี่ส่วนจากการทรยศขายชาติ เท่านั้นไม่พอเขายังถูกควักเครื่องในจากการ "สร้างความขัดแย้งระหว่างกษัตริย์กับพระราชินี" และถูกตัดหัวจากการกลับมาอังกฤษทั้งที่ถูกเนรเทศ

ไม่มีใครรู้ว่าเอเลนอร์รู้สึกอย่างไรกับการตายของสามี เธออาจจะรักเขา ภายหลังเธอได้สร้างหลุมฝังศพอันวิจิตรงดงามให้แก่เขาที่วิหารทูว์กสบรี เอเลนอร์ซึ่งกลายเป็นม่ายถูกคุมขังในหอคอยแห่งลอนดอนเป็นเวลาสองปี บุตรชายคนโตของเธอถูกส่งไปอยู่ในครัวเรือนของคนโปรดของอีซาแบลและถูกจำคุกจนถึงปี ค.ศ. 1331 ธิดาสามคนของเธอซึ่งคนโตสมรสแล้ว กับคนเล็กซึ่งยังอยู่ในการอนุบาล ถูกบังคับให้บวชเป็นชีโดยถูกส่งตัวไปคนละอารามกัน การกระทำที่โหดร้ายนี้อาจเป็นผลมาจากความเกลียดชังในช่วงที่เธอเป็นนางสนองพระโอษฐ์ให้อีซาแบล